科研进展

省科学院广东微生物所联合广州中医药大学构建中药肿瘤免疫数据库

来源: 时间:2020-05-26

省科学院广东微生物研究所谢黎炜研究员团队联合广州中医药大学方坚松教授团队构建了中药肿瘤免疫数据库(TCMIO),将有利于指导研究传统中医药的科研人员筛选和挖掘传统中药宝藏中的有效单体化合物, 发挥传统中医学在攻克肿瘤方面的独特作用。

该数据库包括从文献中收集的400个肿瘤免疫靶点以及对应的126972个配体分子,来自中国药典的618味中药和1493味复方制剂,中药对应的16437个化学成分。这些数据及其相互关联数据存储在PostgreSQL数据库中,并做成在线网站提供在线浏览和下载。除此之外,网站提供StructureMOA两个核心功能,Structure模块主要是针对配体和化学成分进行化学结构搜索,包括子结构、全结构和相似度搜索。针对配体库的化学结构搜索,可以把特定化学结构特征的配体分子查询出来,并找出对应的肿瘤免疫靶点的活性数据;针对中药成分库的化学结构搜索,可以把含有特定化学结构特征某一类化学成分以及来源中药找出。对于MOA模块,主要是针对中药和复方制剂进行网络药理学机制阐释模块,通过输入中药或者复方名称,建立中药-成分-靶点网络,这里的靶点是数据库中的抗肿瘤免疫靶点,同时这些靶点会利用DAVID进行KEGG通路富集。数据库中所有数据供全球科研工作者免费下载使用,也可以通过API形式访问获取。通过该数据库,广州中医药大学有效预测了如姜黄素、枸杞子等传统中药的肿瘤免疫靶点。该数据库的建立对于揭示天然产物抗肿瘤机制具有积极意义。

该研究成果《TCMIO: 一个中药肿瘤免疫的综合数据库》(TCMIO: A Comprehensive Database of Traditional Chinese Medicine on Immuno-Oncology)发表在《Frontiers in Pharmacology》。

 

(省科学院广东微生物研究所 刘志红/供稿)

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